I. Thời kỳ đầu thành lập Trung tâm Y tế thị xã Vĩnh Yên

Tháng 9 năm 1992, Trung tâm Y tế thị xã Vĩnh Yên được thành lập, đơn vị có 2 chức năng là “Phòng bệnh và bảo vệ sức khỏe cho nhân dân” trụ sở tại Phường Ngô Quyền - Thị xã Vĩnh Yên - Tỉnh Vĩnh Phú (Hiện nay là địa điểm của Trường Mầm non Ngô Quyền - Thành phố Vĩnh Yên).

1. Về nhiệm vụ phòng bệnh: Trung tâm Y tế thực hiện các chương trình Quốc gia: Tiêm chủng mở rộng, phòng chống bệnh Phong, Lao, Tâm thần; Phòng chống Suy dinh dưỡng trẻ em; Kế hoạch hóa gia đình …

2. Về nhiệm vụ Khám chữa bệnh: Trung tâm Y tế thực hiện KCB ngoại trú (cả BHYT và dịch vụ); đơn vị thời điểm đó không có giường bệnh Nội trú, chỉ có 10 giường bệnh lưu.

Từ năm 2003, Trung tâm Y tế Vĩnh Yên được giao chỉ tiêu giường bệnh điều trị nội trú 20 giường và hoạt động tại số 2 - Đường Phạm Văn Đồng - Phường Tích Sơn - Thành phố Vĩnh Yên.

3. Về quản lý các Trạm y tế xã, phường, thị trấn (Thị trấn Tam Đảo): Thời kỳ này cán bộ Trạm Y tế được thực hiện nhiệm vụ theo Quyết định số 58/TTg ngày 03/02/1994 của Thủ tướng Chính phủ quy định một số vấn đề về tổ chức và chế độ chính sách đối với y tế cơ sở và Quyết định số 131/TTg ngày 04/3 /1995 của Thủ tướng Chính phủ sửa đổi một số điểm trong Quyết định số 58/TTg hết hiệu lực kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực (không phải là Viên chức như hiện nay).

II. Thời kỳ chia tách Trung tâm Y tế

Năm 2010, Trung tâm Y tế thành phố Vĩnh Yên chia tách Trung tâm Y tế thành ba đơn vị: Bệnh viện đa khoa thành phố; Trung tâm Y tế thành phố và Trung tâm An toàn vệ sinh thực phẩm thành phố.

1. Bệnh viện Đa khoa thành phố Vĩnh Yên có chức năng thực hiện nhiệm vụ khám bệnh, chữa bệnh, đến năm 2012, đơn vị được giao 90 giường bệnh và 84 biên chế.

2. Trung tâm Y tế thành phố Vĩnh Yên (không có từ “Dự phòng” như các huyện khác) đảm nhận công tác Dự phòng; chỉ đạo các Trạm Y tế xã, phường. Năm 2012, đơn vị được giao 35 biên chế.

3. Thời kỳ này thành phố có Phòng Y tế (thành lập từ 2005 đến năm 2018). Từ năm 2005 đến 2011 các Trạm Y tế trực thuộc UBND thành phố Vĩnh Yên, do Phòng Y tế chỉ đạo trực tiếp.

III. Thời kỳ sáp nhập, thành lập Trung tâm Y tế

1. Tổ chức sáp nhập: Thực hiện Quyết định số 2664/QĐ-UBND ngày 01/10/2014 của Ủy ban nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc “Về việc tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp y tế trên địa bàn thành phố Vĩnh Yên thành Trung tâm Y tế thành phố Vĩnh Yên” và đến nay TRUNG TÂM Y TẾ THÀNH PHỐ VĨNH YÊN là hợp phần của 4 bộ phận gồm: Trung tâm Y tế thành phố, Bệnh viện Đa khoa thành phố, Trung tâm An toàn vệ sinh thực phẩm thành phố và Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình thành phố.

2. Tổ chức bộ máy hiện nay

Trung tâm Y tế hoạt động theo mô hình Trung tâm đa chức năng có 4 phòng, 13 khoa, 9 trạm y tế xã/phường; đảm nhận hai chức năng phòng bệnh và khám chữa bệnh,đơn vị có 100 giường kế hoạch, 120 giường thực kê; hoạt động trên diện tích 3.900m2.

* 4 phòng chức năng

- Phòng Tổ chức - Hành chính;

- Phòng Kế hoạch - Điều dưỡng

- Phòng Dân số - KHHGĐ;

- Phòng Tài chính - Kế toán.

* 13 khoa chuyên môn

- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;

- Khoa Y tế công cộng - Dinh dưỡng - Truyền thông - GDSK

- Khoa An toàn thực phẩm;

- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Phụ sản;

- Khoa Khám bệnh;

- Khoa cấp cứu - Hồi sức tích cực và Chống độc;

- Khoa Nội - Truyền nhiễm;

- Khoa Ngoại tổng hợp;

- Khoa Nhi;

- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;

- Khoa Răng hàm mặt - Mắt - Tai mũi họng;

- Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh;

- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế;

* 9 Trạm Y tế xã/phường     

- Trạm Y tế phường Tích Sơn

- Trạm Y tế phường Đống Đa

- Trạm Y tế phường Ngô Quyền

- Trạm Y tế phường Liên Bảo

- Trạm Y tế phường Đồng Tâm

- Trạm Y tế phường Hội Hợp

- Trạm Y tế phường Khai Quang

- Trạm y tế phường Định Trung

- Trạm Y tế xã Thanh Trù.